El Rayo Majadahonda se remonta a 1958, cuando fue creado un equipo amateur conocido como Rayo Majariego, y nace oficialmente en 1976 cuando entre socios y jugadores se forma la primera junta directiva que preside Ramiro Aguilar y una de sus primeras decisiones es inscribir al equipo, que en aquel momento jugaba en la competición de adheridos, en la tercera regional ordinaria, Se trataba de un equipo compuesto por los jóvenes del municipio majariego, el cual contaba con 2000 habitantes por aquel entonces. Posteriormente el segundo gran objetivo fue conseguir cerrar el Cerro de Espino, lo que se consigue con la ayuda del entonces Alcalde D. Arturo Sanz y la financiación del Hiper. Los directivos y jugadores se comprometieron con el presupuesto de la primera temporada, 600.000 pesetas. Se estableció una cuota anual a los socios de 30 pesetas y se consiguió una subvención del Ayuntamiento por valor de 100.000 pesetas. El resto se consiguió a través de rifas, taquillas donativos y aportaciones de jugadores y directivos El primer entrenador fue Antonio Ugena, que consiguió un gran éxito deportivo al alcanzar el primer puesto de la clasificación con 47 puntos, 73 goles a favor y 31 en contra, ascendiendo a tercera regional preferente. El equipo debutaría en Tercera División en la temporada 1987-88 con una buena quinta posición, y en los siguientes años se mantendría en la categoría. En la 1994-95 el equipo logró por primera vez quedar entre los 4 primeros al alcanzar la segunda posición, y en las 2 temporadas siguientes el Rayo acabaría siendo líder de su grupo, logrando su primer ascenso a Segunda División B en 1997.
El equipo debutaría en Segunda B en la temporada 1997-98, dirigidos por Antonio Iriondo. Sin embargo, el club descendió a Tercera al quedar en 18º lugar. Un año después el club atravesaría una crisis deportiva que terminó con un último lugar y el descenso a Preferente.
Su regreso a Tercera se produjo en la temporada 2000-01 y esa misma campaña el equipo vuelve a ser líder de su grupo, pero no logró subir a 2ªB tras quedar por detrás del Oviedo B en el grupo final de ascenso. El Rayo subió finalmente en el año 2002-03, cuando quedó en cuarto lugar y, ya en la fase de ascenso, terminó invicto en su grupo final.
En la temporada 2003-04 el equipo queda colista, descendiendo de nuevo a Tercera, categoría en la que juega desde entonces.
Un elemento muy importante para el club fue cuando se decidió en 1991 crear la Escuela Municipal de Fútbol, que sin duda le dio al club una nueva dimensión tanto en lo deportivo como en lo social dentro del municipio.
Se inscriben en la Federación de Fútbol de Madrid, un equipo en cada categoría (benjamín alevín, e infantil). Desde entonces el crecimiento de la Escuela ha sido espectacular.
Otra fecha muy importante en la historia del club fue el 13 de Mayo de 1997 en el que se firmó el convenio de colaboración económico/deportivo entre el Rayo Majadahonda, el At. De Madrid S.A.D. y el Ayuntamiento de Majadahonda.
Desde esa fecha hasta la actualidad, ambos clubes comparten las instalaciones del nuevo Cerro del Espino con el At. de Madrid y una instalación con 2 campos de hierba artificial (LA OLIVA), para las categorías inferiores y la escuela del Rayo Majadahonda.
El Rayo Majadahonda juega sus partidos en el Cerro del Espino, un estadio con capacidad para 3367 espectadores y césped natural. Lo comparte con el Atlético de Madrid, que utiliza las instalaciones para sus entrenamientos y para que el Atlético B dispute sus encuentros deportivos.
El estadio forma parte del complejo de la Ciudad Deportiva de Majadahonda.
Temporadas en 2ªB: 2
Temporadas en 3ª: 14
Mejor puesto en la liga: 18º (2ªB, Temporada 1997-98)
Peor puesto en la liga: 20º (3ª, Temporada 1998-99)
El Torneo Ballester, celebrado el pasado fin de semana en las instalaciones del Rayo Majadahonda, reunió durante dos días a los mejores jugadores de las categorías Benjamin, Alevin e Infantil, tanto de la Comunidad de Madrid como del resto de España. Contó con la presencia de equipos que vinieron desde Sevilla, Galicia y el País Vasco entre otros.
La sorpresa del fin de semana llegó con la presencia de ilustres como el seleccionador español Don Vicente del Bosque o el ex-futbolista del F.C. Barcelona, Lobo Carrasco.
El Aravaca fue el club más destacado del torneo al proclamarse campeón en tres de las cuatro categorías.
Los entrenadores Pedro Calvo, Julián, Pablo Herrero y Eduardo Fernández, han acudido en representación del Rayo Majadahonda al Congreso realizado en Sevilla.
El Comité Técnico Andaluz de Entrenadores de Fútbol (CTAEF), órgano técnico de la Federación Andaluza de Fútbol presidido por Antonio Mendoza, organiza del 27 al 29 de mayo en Sevilla el “Congreso Internacional de Fútbol: Ciencia y Tecnología”, que se convertirá muy probablemente en el más numeroso en cuanto a participación en toda la historia del fútbol mundial, ya que en una misma ciudad, Sevilla, se concentrarán cerca de 1.600 entrenadores de todo el mundo, ya confirmados. Los asistentes al congreso, que abarca contenidos tanto de fútbol como de fútbol sala, recibirán el ‘Diploma UEFA’ de entrenador, exigido según normativa UEFA reciente por el organismo europeo para entrenar en clubes de primera categoría nacional y fuera del país de origen del entrenador en todo el continente. El objetivo del Congreso es informar sobre las últimas líneas de actuación y analizar los avances conseguidos en los aspectos técnico, físico, psicológico y sociológico del fútbol; institucionalizar un foro de encuentro para entrenadores, docentes, dirigentes, deportistas y demás profesionales implicados en el fútbol; conocer los avances tecnológicos habidos en materia deportiva; reflexionar sobre el papel del fútbol en nuestra sociedad; favorecer la conexión entre fútbol base y fútbol profesional; e intercambiar experiencias e información entre profesionales del fútbol de todo el mundo. Los ponentes del congreso son Eduardo Herrera (presidente de la Federación Andaluza de Fútbol, que hablará sobre el programa educativo ‘Contar con el Fútbol’), Joaquín Caparrós (entrenador del Athlétic de Bilbao), Willi Ruttensteiner (director técnico de la Federación Austriaca de Fútbol y del proyecto Desafío 2008), Jean Paul Brigger (Responsable del Departamento de Desarrollo Técnico de la FIFA), Ginés Meléndez (seleccionador nacional de la RFEF y director de la Escuela Nacional de Entrenadores), Bernd Stöber (director de formación de la Asociación Alemana de Fútbol e Instructor FIFA), José Venancio López (seleccionador nacional de España de fútbol sala), María Vargas Galeote (directora deportiva del Atlético de Madrid Féminas), Lola Romero (presidenta de la sección femenina del club Atlético de Madrid), Antonio Fernández (director deportivo del Málaga C.F. y ex miembro técnico de la Selección Nacional de España en el Mundial de Sudáfrica), Antonio Escribano (especialista en Endocrinología y Nutrición), Federico Vidal (2º seleccionador nacional de España fútbol sala), Manolo Jiménez (entrenador del AEK Atenas) y Miguel Morilla (especialista en psicología deportiva). El Congreso se celebra en el Hotel Barceló Renacimiento de Sevilla y está organizado conjuntamente entre el Comité Técnico Andaluz y el Comité Nacional de Entrenadores. El CTAEF ha cerrado ya las inscripciones ante el alto número de técnicos inscritos para esta cita, cerca de 1.600, lo que permitirá que profesionales de todo el mundo comprueben de cerca la organización deportiva andaluza en un evento tan importante como éste. La Federación Andaluza de Fútbol instalará un ‘stand’ informativo a la entrada del salón del Congreso, donde se realizarán demostraciones prácticas para los entrenadores de los cursos de salud deportiva que lleva a cabo la Federación Andaluza, a través del CEDIFA, con maniobras de resucitación y uso del desfibrilador ante casos de parada respiratoria en un terreno de juego; así como también en este ‘stand’ se ofrecerá información referente al programa educativo-formativo de la FAF ‘Contar con el Fútbol’, de los programas del CEDIFA, de la Clínica del Deporte en Córdoba y Jaén, y de la nueva televisión de la FAF por internet.